Translocações envolvendo o gene FOXO1 são alterações recorrentes em casos de rabdossarcoma alveolar (ARMS), o terceiro tipo de tumor sólido, fora do SNC, mais comum em crianças e adultos jovens. Aproximadamente 55% dos casos diagnosticados de ARMS apresentam o rearranjo PAX3/FOXO1 e em 22% ocorre a PAX7/FOXO1. Este exame de FISH para o gene FOXO1 permite a detecção de rearranjos envolvendo o gene FOXO1, independente do gene parceiro.