Esse teste analisa grandes deleções e duplicações no gene PTEN. Mutações no gene PTEN levam a formação alterada ou incompleta da proteína PTEN, a qual não pode exercer sua função de supressor de tumor. Sem essa proteína, a divisão celular torna-se descontrolada, levando ao desenvolvimento de tumores e hamartomas. Algumas síndromes que estão ligados a mutações em PTEN são: Síndrome do tumor hamartoma PTEN (PHTS), a Síndrome de Cowden (CS), a Síndrome de Bannayan-Riley-Ruvalcaba (BRRS), a Síndrome de Proteus (PS) e a Síndrome similar a de Proteus.
A sindrome de Cowden é uma síndrome hamartoma múltipla com um alto risco de tumores benignos e malignos da tireóide, mama e endométrio. Indivíduos afetados geralmente tem macrocefalia, triquilemomas e pápulas papilomatosas e se apresentam ao redor dos 30 anos. A sindrome de Bannayan-Riley-Ruvalcaba é um disturbio congênito caracterizado pela macrocefalia, polipose intestinal, lipomas e máculas pigmentadas na glande do pênis. A sindrome de Proteus é um disturbio complexo, altamente variável envolvendo má-formação congênita e crescimento excessivo hamartomatoso de tecidos múltiplos, como também o tecido conectivo, epidermal e hiperostoses. A síndrome similar a de Proteus é indefinida, mas se refere a indivíduos com características clínicas significativas de PS que não atendem aos critérios de diagnóstico do PS.
A utilização da técnica de MLPA, para identificar grandes deleções e duplicações, pode auxiliar na identificação de variantes não detectáveis por sequenciamento. Este teste pode identificar até 11% dos casos negativos para sequenciamento.