Tumores estromais do trato gastrointestinal (GIST) são tipicamente caracterizados por mutações ativadoras nos genes c-KIT e Receptor Tipo Alfa Para Fator De Crescimento Derivado de Plaquetas (PDGFR?). Aproximadamente 80% dos GIST possuem uma mutação oncogênica no gene KIT e 15% dos GIST possuem uma mutação no gene PDGFR sendo KIT negativo. A presença de mutações nos genes c-KIT e PDGFR dão suporte ao diagnóstico de GIST e tem valor preditivo na resposta ao tratamento com o medicamento Gleevec (imatinib). As respostas de pacientes com GIST aos inibidores de tirosina quinase, como o imatinib, variam de acordo com o tipo de mutação observada. Pacientes com mutações no exon 11 do c-KIT tendem a mostrar uma resposta maior e mais duradoura ao imatinib, que pacientes com mutações no exon 9 ou pacientes sem expressão. Cerca de 35% dos pacientes com mutações de PDGFRA serão beneficiados pelo tratamento com imatinib.
Este teste de rastreio de mutações nos exons 9, 11, 13 e 17, não tem o objetivo de confirmar o diagnóstico de GIST. A presença ou ausência de uma mutação não confirma nem afasta o diagnóstico de GIST.
Mutações de c-KIT são também encontradas em 21% de melanomas de mucosas, em 11% de melanomas acrais, e em 17% dos melanomas que surgem em pele cronicamente danificada pelo sol. Estes casos têm uma aparente boa resposta aos inibidores de tirosina-quinase.