O teste é indicado para guiar o uso de terapia alvo específica em pacientes diagnosticados com câncer de pulmão. A presença de algumas variantes nestes genes pode indicar uma possível resposta clínica ao tratamento.
Os blocos de parafina devem ser enviados em temperatura ambiente (18-25ºC).
Durante o envio, os blocos devem ser acondicionados em embalagens fechadas, que permitam proteger o material de deformações mecânicas e calor.
Critérios de Rejeição
Amostra processada com fixadores metálicos (B4 e B5)
Descalcificação óssea (medula)
Temperatura de transporte inadequada
Amostras sem identificação
Amostras sem solicitação médica
Amostra congelada
Amostras que não se enquadram nos critérios de qualidade interna após avaliação pelo patologista responsável.
Documentos Obrigatórios
Laudo anatomopatológico
Termo de Consentimento
Metodologia
A metodologia usada no exame é NGS- Sequenciamento de Segunda Geração por Multiplex.
O DNA é extraído do bloco de parafina após análise de uma patologista e delimitação da área demarcada através do kit QIAamp DNA FFPE Tissue Kit. A técnica principal para o preparo da biblioteca de DNA é utilizando-se a tecnologia de PCR multiplexado com molecular barcode (QiaSeqDNA V3). Caso existam regiões não adequadamente cobertas na primeira técnica, é preparada por PCR convencional seguido de Nextera ou Sanger. O resultado final é uma cobertura de 100% das bases com profundidade acima de 300x nas regiões de interesse. A chamada de variante é feita através do transcrito de referência a partir da base A do códon de iniciação ATG alinhado contra o genoma de referência GRCh37/hg19.
Limitações do exame
– Este teste detecta pequenas deleções e duplicações até 17 bp, mas grandes deleções e duplicações não são detectadas por esta metodologia. Outras alterações estruturais,como inversões e translocações também não são detectadas. Havendo suspeita de algumas destas alterações, pode-se usar metodologias como array CGH, MLPA, qPCR ou FISH. – Mutações por expansão de repeats de trinucleotídeos não são detectáveis por sequenciamento. – Mutações intrônicas profundas ou em regiões regulatórias, como promotores, não são detectáveis no presente teste. – Alteração epigenéticas não são detectáveis por este teste.