Este exame permite a tipificação HLA com a identificação dos alelos HLA-DQA1 e HLA-DQB1 em média resolução e pode revelar associação ao desenvolvimento de Doença Celíaca (intolerância ao Glutén). Para fechar o diagnóstico de doença celíaca é necessário combinar a clínica, a análise laboratorial e histopatologica. Sabe-se que os marcadores DQ2 e DQ8, componentes do HLA, estão associados à doença celíaca. Enquanto na população normal 90% dos indivíduos apresentam DQ2 e 10% o DQ8; para a investigação de doença celíaca estes marcadores atuam como etapa no diagnóstico de exclusão. Os alelos que codificam DQ2 e DQ8 são encontrados em até 30% das pessoas, desta forma, se o suspeito de doença celíaca não apresentar estes marcadores, a probabilidade de se confirmar a hipótese diagnóstica é muito baixa. Tendo, portanto, alto valor preditivo negativo, ou seja, DQ2 e DQ8 negativos excluem o diagnóstico de DC com confiança de 99%. Adicionalmente, este estudo de haplótipos é especialmente recomendado nos casos de biópsia de jejuno inconclusiva ou para pacientes onde a biópsia não é uma opção de diagnóstico; para isto recomenda-se combinar os resultados com a pesquisa dos anticorpos antiendomísio e antitransglutaminase.