A fase I e II se referem as diferentes fases do antígeno de Coxiella. O antígeno de fase I se refere à fase virulenta, enquanto que, os de fase II são avirulentos. Se o paciente teve contato com o vírus, o sistema imunológico produzirá anticorpos IgM e posteriormente IgG. A análise permite saber qual fase do vírus o sistema imunológico do indivíduo teve contato, portanto há esta distinção de IgG Fase I ou IgG Fase II.