O agente infeccioso Chlamydia trachomatis pertence ao gênero de patógeno humano Chlamydia, juntamente Chlamydia pneumoniae e Chlamydia psittaci. É uma das menores bactérias intracelulares, gram-negativas, a qual se alimenta do ATP das células infectadas.
C. trachomatis é o agente patogênico da uretrite não-gonorréica, linfogranuloma venéreo, tracoma, conjuntivites de inclusão, pneumonia neonatal e síndrome de Reiter.