É um bacilo Gram-positivo, anaeróbio, formador de esporos e produtor de toxinas. Sob a forma de esporos é largamente distribuído em inúmeros tipos de ambiente. Os esporos sobrevivem mesmo em condições difíceis ficando viáveis por meses. Estas características explicam a sua difícil erradicação do meio hospitalar. Podem ser encontrados como parte da microbiota normal do homem e de vários animais de criação, de estimação e animais silvestres; também já foram identificados em alimentos e na água. Esse agente produz duas toxinas denominadas toxina A (enterotoxina) e toxina B (citotoxina). O Clostridium difficile tem sido apontado como um importante agente causador de doenças diarreicas associadas ao uso de antimicrobianos. Este exame visa, através da PCR em Tempo Real identificar a bactéria em amostras de fezes para auxiliar o diagnóstico clínico.
