Esta técnica recente é menos conhecida e frequentemente menos indicada que o espermograma. O teste de fragmentação de DNA é um teste decisivo e complementar ao espermograma. Este teste mede o estado do DNA dos espermatozoides. A cabeça do espermatozoide contém o DNA, isto é, o capital genético do indivíduo. A fragmentação corresponde a rupturas de cadeias de DNA. A um baixo nível, estas rupturas se organizam no ovócito depois da fecundação. Mais além de certos níveis de ruptura, o processo de reparo já não pode ser realizado satisfatoriamente para permitir um desenvolvimento embrionário normal.